DMDI adalah penyakit autoimun. Bukti-bukti yang mendukung terjadinya proses autoimun adalah proses peradangan (insulinitis) di Pulau Langerhans pankreas, keterkaitan yang jelas dengan penyakit autoimun lain, terutama sebagai bagian dari sindrom autoimun poliglandular, keterkaitan dengan tipe-tipe HLA (HLA-DR3 atau DR4) yang sering berkaitan dengan penyakit autoimun, adanya antibodi anti pulau Langerhans atau auto antibodi insulin dalam darah pasien DMDI saat terdiagnosis, bukti sitotoksisitas sel T in vitro pada sample darah yang diambil dari penderita diabetes, kemiripan DMDI dengan model diabetes autoimun pada hewan seperti pada tikus BB dan mencit NOD, induksi fase remisi yang lama dengan terapi imunosupresif.
Selama beberapa tahun terakhir, terjadi peningkatan pemahaman mengenai sistem imun dan mekanisme yang mendasari autoimunitas menyebabkan diabetes. Beberapa penelitian mengenai proses autoimun yang terjadi pada penyakit lain mencakup identifikasi (pada tingkat molekular) alel spesifik di lokus DQβ kompleks HLA yang berkaitan dengan (DQβ non ASP 57) atau protektif terhadap (DQβ non ASP 57) timbulnya DMDI, adanya antibodi sirkulasi terhadap protein 64-kD yang kemudian terbukti adalah asam glutamate dekarboksilase (GAD), proteksi relatif terhadap diabetes oleh pemberian ASI, reaktivitas silang antibodi dalam darah pasien DMDI dengan suatu sekuensi asam amino yang terdapat di protein susu sapi, dan kemungkinan proteksi terhadap timbulnya diabetes oleh terapi insulin pada mencit NOD.
